Rada Kościoła jest władzą wykonawczą Kościoła. Skład Rady stanowią przedstawiciele Okręgów Kościoła oraz Przewodniczący Rady Kościoła powoływany przez Krajową Konferencję Kościoła. Obecna Rada Kościoła została powołana na trzyletnią kadencję (lata 2010 - 2013). Skład Rady jest następujący:

Przewodniczący Rady Kościoła
prezb. Gustaw Cieślar

Członek Rady Kościoła
prezb. Marek Głodek - reprez. Okręgu Centralnego

Wiceprzewodniczący Rady Kościoła
prezb. Mieczysław Piotrowski - reprez. Okręgu Białostockiego

Członek Rady Kościoła
Wiesław Poterewicz - reprez. Okręgu Lubelskiego

Członek Rady Kościoła
prezb. Jerzy Rogaczewski - reprez. Okręgu Śląskiego

Członek Rady Kościoła
prezb. Ireneusz Skoczeń - reprez. Okręgu Południowego

Członek Rady Kościoła
pastor Mariusz Socha - reprez. Okręgu Dolnośląskiego

Członek Prezydium Rady Kościoła
pastor Mateusz Wichary - reprez. Okręgu Gdańskiego

Czlonek Rady Kościoła
Janusz Wronisz - reprez. Okręgu Mazurskiego

Członek Prezydium Rady Kościoła
Sławomir Paweł Zientarski - reprez. Okręgu Pomorskiego